در پژوهش حاضر، هدف تبیین مرزهای مشروعیت فقهی انتقال میکروبیوم مدفوعی (Fecal Microbiota Transplantation) در شرایط اختیاری و اضطراری، بر اساس مبانی فقه امامیه با اتکا به آرای فقهای امامیه و یافته‌های علمی با رویکردی میان‌رشته‌ای و تحلیلی می‌باشد. پیوند میکروبیوتای مدفوعی (FMT) یک روش درمانی نوین است که با انتقال میکروارگانیسم‌های مفید از سیستم گوارش فرد سالم به بیمار، به درمان اختلالات گوارشی و سیستمیک و برخی اختلالات عصبی-روانی می‌پردازد. باوجوداثربخشی بالینی، اجرای آن در جوامع اسلامی نظیر ایران با چالش‌های فقهی همراه است.
داده‌ها پژوهش از طریق مطالعات کتابخانه‌ای در دو حوزه متون فقهی و منابع پزشکی گردآوری و تحلیل‌شدند. چالش‌های اصلی در پنج محور دسته‌بندی شد؛ 1)مفهوم شناسی فقهی مدفوع و شیوه برداشت نمونه 2)فرایندهای انجام‌شده بر روی نمونه 3)مجرای انتقال 4)چالش‌های فقهی خاص ناشی از تزاحم قواعد فقهی 5)بررسی استفتائات مراجع تقلید.
یافته‌ها حاکی از آن است که مشروعیت فقهی FMT به منشأ نمونه، مسیر انتقال و فرایند پردازش وابسته است. نمونه مدفوع پس از دفع، نجس تلقی می‌شود؛ اما نمونه‌برداری مستقیم از دستگاه گوارش فوقانی اگرچه ممکن است طاهر باشد، با حکم خباثت مواجه می‌گردد. از منظر مسیر انتقال، روش‌های تزریق مقعدی و محصولات شسته‌شده بیشترین سازگاری با ضوابط فقهی دارند؛ در مقابل مسیرهای خوراکی و اسنفاده از مدفوع فرآوری نشده به‌دلیل حکم اکل نجس، با موانع فقهی جدی مواجه‌اند.